Σκοπός του ΕΟΔΥ είναι η παροχή υπηρεσιών, που συμβάλλουν στην προστασία και βελτίωση της υγείας και την αύξηση του προσδόκιμου επιβίωσης του πληθυσμού ενισχύοντας την ικανότητα του Εθνικού Συστήματος Υγείας, ιδιαιτέρως των υπηρεσιών δημόσιας υγείας, για την αποτελεσματική αντιμετώπιση των απειλών κατά της ανθρώπινης υγείας από μεταδοτικά νοσήματα μέσω της έγκαιρης ανίχνευσης, παρακολούθησης και αξιολόγησης των κινδύνων, αναφοράς και κατάθεσης επιστημονικά τεκμηριωμένων προτάσεων και μέτρων παρέμβασης.
Συνιστά το επιχειρησιακό κέντρο σχεδιασμού και υλοποίησης δράσεων προστασίας της δημόσιας υγείας με προληπτικό, λειτουργικό και παρεμβατικό χαρακτήρα, με ετοιμότητα απόκρισης σε έκτακτους κινδύνους υγείας, συντονίζοντας τις λειτουργίες του με τις εκάστοτε ανάγκες της χώρας και των διεθνών οργανισμών με τους οποίους συνεργάζεται.